Për t’i përgatitur këto këto kuadro të aftë, Roma ngriti herë pas here në Itali, disa shkolla të posaçme (kolegje), si për klerin e vendeve të ndryshme të botës, ashtu edhe për klerin në Shqipëri e në Ballkan.
Një nga sgkollat e para të tillla ishte “Kolegji i Shën Athanasit”, që u themelua në Romë më 1572, nën drejtimin e murgjëve bazilianë, posaçërisht për nxënësit arbëreshë dhe grekë të Italisë. Në Klementin u themelua “Kolegji ilirik”, në të cilin pranoheshin nxënës edhe nga viset shqiptare.
Në vitin 1574 u themelua i dyti “Kolegj ilirik” në Loreto. Më vonë (1672), ky kolegj u zgjerua, dhe që prej asaj kohe atë e ndoqën edhe klerikë shqiptarë. Mësimet në kolegj zhvilloheshin në gjuhën latine dhe greke. Mësohej gramatika, filozofia dhe teologjia. Mësimi u ishte besuar jezuitëve. Zakonisht në kolegj, me rekomandim të priftërinjve, ose kryepeshkopëve, zgjidheshin një ose dy nxënës prej qyteteve të mëdha apo krahinave, për t’u përgatitur për vendin e tyre. Këtë kolegj e ndoqën gjithnjë e më shumë shqiptarët, edhe për arsyen se nuk kishte kolegje të tilla në Shqipëri. Kolegji informonte shpesh Kongregatën për nxënësit e pranuar shqiptarë.
Kolegjin ilirik e kanë ndjekur edhe shkrimtarët dhe personalitetet e njohura arsimore e kulturore shqiptare, si: Pjetër Budi, Frang Bardhi, Andrea Bogdani, Pjetër Bogdani, Pjetër Mazrrëku etj.
Në vitin 1613, Kongregata e Romës themeloi të tretin “Kolegj ilirik” të Fermos, i cili vazhdoi të punojë deri në mesin e shek. XVIII. Në të u përgatitën edhe klerikë shqiptarë të shquar, si: Gjon Nikollë Kazazi nga Gjakova, Matej Mazrreku nga Janieva etj. Edhe ky kolegj ishte nën drejtimin e jezuitëve.
Në vitin 1711, në shkollën “San Pietro in Montario” të romës, nën ndikimin e françeskanëve, të ndihmuar nga papa Klementi XI, italo-shqiptar, filloi punën Katedra e gjuhës shqipe.
Ka ekzistuar edhe “Kolegji i Palermos”, i themeluar në vitin 1730, pastaj “Kolegj in Ulanos” në Romë, ku u shpërngulën nxënësit e “Kolegjin ilirik” të Fermos.
Në vitin 1743 u themelua “Kolegji Urbano”, ku për një kohë studio edhe Pjetër Bogdani. Në këtë kolegj ndiqeshin edhe studimet e larta.
Përveç studimve në kto kolegje (veçanërisht në atë të Loretos), disa priftërinj shqiptarë kanë ndjekur edhe fakultetin filozofik apo teologjik në ndonjërin nga universitetet e Italisë të asaj kohe. Pas mbarimit të tyre, nxënësit klerikë pajiseshin me kulturën teologjike të domosdoshme, dhe pastaj dërgoheshin në vendet e tyre, si klerikë të rregullt ose si misionarë.
Ndryshe nga Kisha e Lindjes, Vatikani nuk i pengonte, përkundrazi i lejonte kuadrot e tij që të zhvillonin veprimtarinë fetare edhe në gjuhën e popullsisë vendëse, me kusht që rituali kishtar të ushtrohej në çdo rast latinisht. Është pikërisht, që nga rrethi i këtyre nxënësve klerikë filloi jetën e vet arsimi shqip dhe letërsia shqipe.
Në trojet shqiptare, shkollat e elementit katolik kishin karakter fillestar, dhe ngriheshin zakonisht pranë ndonjë kishë. Ato kishin një numër të pakët nxënësish, dhe programi i tyre kishte karakter fetar. Një shkollë e tilllë ka ekzistuar në Janjevë.
Përveç shkollës së Janjevës, ndër shkollat më të vjetra katolike, hyn edhe shkolla e Pejës (gjysma e parë e shek. XVII).
Nga mesi i shek. XVII, meritë për hapjen dhe zhvillimin e shkollave shqipe në Prishtinë, Prizren, Suharekë etj, ka famullitari D. Gegë Mazrreku. Në Gjakovë dhe në fshatrat përrreth, është dalluar misionari Lukë Kabashi si edhe françeskanë të tjerë.
Në gjysmën e parë të shek. XVII ka pasur një shkollë katolike në Pejë.
Gjithashtu, nga mesi i shek. XVII ka pasur shkolla katolike shqipe në Prishtinë, prizren, Suharekë, Gjakovë, si dhe në fshatrat përreth.
Më 1745 kemi një shkollë fillore katolike në Shkodër.
Në vitin 1775, kleriku D. Nikollë Kançi hap një shkollë fillore në Sheldi (Shkodër).
Në Nënshat (Shkodër), më 1878, hapet një shkollë katolike.
Më 1882 hapet shkolla katolike e Trashanit (Zadrimë).
Më 1883 hapet një shkollë e tillë edhe në Bajzë të Kastratit (Malësi e Madhe).
Më 1891 hapet një shkollë katolike në Blinisht të Zadrimës.
Po më 1891 hapet një shkollë e tillë në Selcë të Kelmendit.
Më 1893 hapet shkolla e Traboinit (Malësi e Grudës).
Në vitin 1896, në Kallmet të Lezhës, murgeshat stigmatine hapin një shkollë fillore për vajza.
Më 1898 rihapet shkolla në Pllanë (Lezhë).
Nga fundi I shek. XIX vazhdon hapja e shkollave fillore fetare katolike, kryesisht në Shqipërinë Veriore dhe në disa vise të tjera shqiptare, si: Në Shkup, Prizren, Gjakovë, Pejë, Ulqin, Zarë, Zym etj.
Nga fundi i shek.XIX kemi hapjen e shkollave katolike në Mirditë (Orosh, Kashnjet, Spaç), në Bushat (1900), në Rranxa-Bushat (1900), në Prizren (një shkollë mashkullore dhe njënshkollë fillore për vajza, e drejtuar prej “Motrave të Dashurisë”), në Gjakovë (një shkollë), në Pejë (një shkollë, më 1898), në Zym (një shkollë), në Durrës (një shkollë).
Në vitin 1901, në Bizë hapet një shkollë fillore katolike.
Më 1907, Shtjefën Gjeçovi hap një shkollë në Gomsiqe.
Po këtë vit, kemi hapjen nga një klerik të një shkolle në Baz (Mat).
Gjithashtu, më 1907, motrat stigmatine hapin një shkollë fillore në Durrës.
Gjatë viteve 1912-1913, në Dajç të Zadrimës ka pasur një shkollën fillore katolike.
Më 8.2.1912 rihapet në Shkodër seminari papnor shqiptar (sot “Seminari Ndërdioqezin Shqiptar”). Ludovik Shllaku, Shkollat klerikale, botimet “Camaj-Pipa”, Shkodër 2002, f.17- 23